A origem ao culto franciscano nos sertões do Ceará deve-se aos missionários franciscanos ainda durante o período colonial português.
Em Canindé é possível afirmar que a devoção a São Francisco se inicia com a construção da primeira capela entre os anos de 1775 e 1796.
Já no século XX, entre os anos de 1910 e 1915, os frades capuchinhos fizeram uma grande reforma na estrutura da capela, transformando-a em um belo conjunto arquitetônico que em 1925, foi elevada à dignidade de BASÍLICA MENOR.
Assim, a Basílica de São Francisco torna-se o principal símbolo da fé franciscana no sertão nordestino, transformado o Santuário de São Francisco das Chagas em uma das maiores referências turísticas do estado, que atrai anualmente mais de 2 milhões de visitantes.
O Santuário de São Francisco das Chagas já foi administrado por grandes vigários, e hoje tem como reitor Frei Jonaldo Adelino de Souza (ofm).
